Thường Tín có hệ thống đường giao thông thuận lợi với hai tuyến đường bộ chạy dọc huyện là quốc lộ 1A dài 17,2 km và đường cao tốc Pháp Vân - Cầu Giẽ dài 17 km đến cầu Vạn Điểm đoạn giao cắt với đường 429 (73 cũ); chạy ngang huyện là tuyến đường tỉnh lộ 427 (đường 71 cũ) từ dốc Vân La (xã Hồng Vân) qua cầu vượt Khê Hồi trên tuyến đường cao tốc Pháp Vân - Cầu Giẽ đến thị trấn Thường Tín cắt với tuyến đường sắt Bắc Nam sang phía tây huyện và kết thúc ở huyện Thanh Oai. Tỉnh lộ 429 (73 cũ) từ thị trấn Phú Minh (huyện Phú Xuyên) qua gầm cầu vượt Vạn Điểm đến ngã 3 Đỗ Xá giao với quốc lộ 1A cũ; tiếp theo là đoạn đường 429 từ ngã ba Tía cắt tuyến đường sắt Bắc Nam chạy vào Đồng Quan. Dự kiến sẽ xây cầu Mễ Sở nối với huyện Văn Giang của tỉnh Hưng Yên.

Trên Huyện có tuyến đường sắt Bắc Nam chạy qua với 3 nhà ga là ga Thường Tín, ga Chợ Tía và ga Vạn Điểm (tên khác là ga Đỗ Xá).

Đường thủy có sông Hồng, với cảng Hồng Vân, cảng Vạn Điểm. Qua sông đi Tứ Dân, Khoái Châu, Phố Nối và thành phố Hưng Yên.

Hiện nay, huyện Thường Tín đang đầu tư xây dựng khu đô thị Duyên Thái nằm ở phía bắc huyện, giáp ranh với xã Liên Ninh của huyện Thanh Trì.